La chiesa di Santa Maria dei Greci deve la sua origine onomastica ad una iscrizione epigrafica greca posta in facciata dell'edificio, di cui oggi, sfortunatamente, se ne è persa ogni traccia. La presunta esistenza di tale epigrafe, come l'esistenza di una "fontana dei Greci" e la notizia di alcune monete greche ritrovate in loco, farebbe supporre l'impianto originale della chiesa risalente al periodo di insediamento di una colonia greca nell'antica Molinara. la mancanza di elementi concreti, però, rende più plausibile l'ipotesi di fondazione tra l'XI e il XII secolo d.c., (come sostiene M. Rotili) anno presunto di fondazione dell'intero borgo.

A pianta poligonale fortemente irregolare, la chiesa in origine non includeva la pseudo navata sinistra, aggiunta solo dopo la seconda guerra mondiale dall'arciprete Don Pietro iatarola. L'abside poligonale così come appare oggi (dopo l'intervento di restauro) fu anche essa una successiva aggiunta all'impianto originale. La chiesa nel suo complesso costituisce un'interessante esempio di chiesa con volta a botte (nella zona presbiteriale) e cupola centrale che non trova riscontri numerosi in area campana, ma che richiama invece, alcuni edifici di culto altomedioevali pugliesi.

Nel suo interno diversi sono stati gli interventi di rifacimento, ne è testimonianza la diversità di fattura della muratura che costituisce la cupola centrale e la volta a botte (a piccoli conci sbozzati), da quella che costituisce invece i muri perimetrali e la porzione di muratura sovrastante gli archi della navata principale (grandi conci sbozzati). La stessa facciata fu più volte rifata "alla meglio" tanto da creare presumibilmente delle forti discordanze da quella originale.

Entrando nella chiesa dall'ingresso principale, sul lato destro è possibile distinguere il battistero, oggi ubicato in nicchia, mentre adiacente ad esso vi è il campanile in stile Gotico (dalla presenza della caratteristica volta ogivale del portale e dalla monofora di fondo alla facciata, anche essa a sesto acuto) databile XIV sec..

Il campanile, in parte distrutto a causa di un fulmine nei primi anni del 1900, fu poi ricostruito, ma in seguito al terremoto del 1962 crollarono i due ordini successivi di aperture e ne restò integra la sola parte basamentale, che tutt'oggi testimonia l'esistenza di un'architettura di elevato pregio.

L'area presbiteriale (di fondo alla navata principale) è caratterizzata dalla presenza di due piccoli lucernari ad ellisse, molto "singolari" per la loro forma e grandezza, aventi probabilmente funzione di illuminazione diretta dell'ambienta orientato ad est.

La cupola realizzata in piccoli conci di pietra chiara è posta a terminazione della navata principale, poggia su quattro archi che scaricano il peso ad un egual numero di pilastri, oggi opportunamente rinforzati nel loro interno dal restauro eseguito.